Introdução
A esquistossomose, causada pelo trematódeo Schistosoma mansoni, é uma doença parasitária de grande impacto na saúde global. O sequenciamento do genoma do parasita forneceu uma base para análises funcionais, mas a anotação genômica ainda apresenta limitações devido à complexidade do transcriptoma e dos sinais de splicing. O presente estudo utilizou sequenciamento de RNA de alta profundidade (RNA-Seq) para caracterizar o transcriptoma do S. mansoni macho adulto, permitindo a validação de predições gênicas e a descoberta de novos genes.
Metodologia
Foram extraídos RNA poliadenilado (polyA+) de aproximadamente 200 machos adultos de S. mansoni, obtidos a partir de hamsters infectados. A biblioteca de cDNA foi gerada e sequenciada utilizando a plataforma Roche 454 GS-FLX Titanium. As leituras de RNA-Seq foram alinhadas ao genoma de S. mansoni utilizando o algoritmo BLAT, e a análise de montagem foi realizada com o software Newbler 2.5 p1. Foram utilizados parâmetros rigorosos para validar a presença de transcritos previamente anotados e identificar novas regiões transcricionalmente ativas.
Resultados
Foram geradas 1.620.432 sequências de ESTs (Expressed Sequence Tags) de alta qualidade, totalizando 376 Mb de dados. A cobertura genômica obtida foi 26% superior à dos ESTs públicos disponíveis no NCBI, permitindo a confirmação da expressão de 990 genes previamente preditos sem evidência experimental, a correção de predições gênicas e a identificação de 989 novos contigs em regiões intergênicas, sugerindo a existência de novos genes codificadores de proteínas ou RNAs não codificantes. Além disso, foram identificados 11 novos genes de microêxons (MEGs), que podem estar envolvidos na variação antigênica do parasita.
Discussão
O uso do RNA-Seq permitiu avanços significativos na compreensão do transcriptoma de S. mansoni. A descoberta de novos genes e ajustes nas anotações existentes fornecem informações críticas para futuros estudos funcionais, podendo contribuir para o desenvolvimento de estratégias terapêuticas. A identificação de MEGs adicionais sugere um possível papel desses genes na evasão imunológica, destacando sua relevância para o entendimento da interação parasita-hospedeiro.
Referência:
ALMEIDA, G. T.; AMARAL, M. S.; BECKEDORFF, F. C. F.; KITAJIMA, J. P.; DEMARCO, R.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. Exploring the Schistosoma mansoni adult male transcriptome using RNA-seq. Experimental Parasitology, v. 132, n. 1, p. 22–31, 2012. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.exppara.2011.06.010. Acesso em: [inserir data de acesso].